ACOT I
España, siglo XVIII. En una prisión, Marzelline, hija del carcelero, Rocco, rechaza las atenciones de la asistente de su padre, Jacquino, quien espera casarse con ella. Su corazón está puesto en cambio en el nuevo chico de los recados, Fidelio. Este último, un muchacho trabajador, llega con provisiones y despachos y está angustiado por el interés de Marzelline en él, especialmente porque tiene la bendición de Rocco. De hecho, Fidelio es Leonore, una mujer noble de Sevilla que llegó a la cárcel disfrazada de niño para encontrar a su esposo, Florestan, un preso político que languidece en algún lugar encadenado. Cuando Rocco menciona a un hombre que yace cerca de la muerte en las bóvedas de abajo, Leonore, sospechando que podría ser Florestan, le ruega a Rocco que la lleve a sus rondas. Está de acuerdo, aunque el gobernador de la prisión, Don Pizarro, solo permite a Rocco en los niveles inferiores de la mazmorra.

Mientras los soldados se reúnen en el patio, Pizarro se entera de los despachos que le trajeron que Don Fernando, ministro de Estado, está en camino para inspeccionar la fortaleza. Ante esta noticia, el gobernador decide matar a Florestan, su enemigo, sin demora y le ordena a Rocco que cave una tumba para la víctima en el calabozo. Leonore, al escuchar su plan, se da cuenta de la naturaleza malvada de Pizarro y la difícil situación de su víctima. Después de rezar por fuerzas para salvar a su esposo y mantener la esperanza, nuevamente le ruega a Rocco que la deje acompañarlo a la celda del condenado, y que también les permita a los otros prisioneros unos momentos de aire en el patio. Los hombres jadean saboreando su visión de la libertad, pero Pizarro les ordena que regresen, y se apresura a rocco a cavar la tumba de Florestan. Con aprensión, Leonore lo sigue al calabozo.

ACTO II
En una de las celdas más bajas de la prisión, Florestan sueña que ve a Leonore llegar para liberarlo. Pero su visión se convierte en desesperación, y se hunde exhausto. Rocco y Leonore llegan y comienzan a cavar la tumba. Florestan se despierta, sin reconocer a su esposa, y Leonore casi pierde la compostura ante el sonido familiar de su voz. Florestan mueve al carcelero para ofrecerle una bebida, y Leonore le da un poco de pan, instándolo a no perder la fe. Rocco luego toca el silbato para indicarle a Pizarro que todo está listo. El gobernador avanza con la daga desenfundada para atacar, pero Leonore lo detiene con una pistola. En este momento suena una trompeta de las almenas: Don Fernando ha llegado. Rocco lleva a Pizarro a su encuentro mientras Leonore y Florestan se regocijan en los brazos del otro.

En el patio de la prisión, Don Fernando proclama justicia para todos. Se sorprende cuando Rocco trae a su amigo Florestan ante él y le cuenta los detalles del heroísmo de Leonore. Pizarro es arrestado, y Leonore misma quita las cadenas de Florestan. Los otros prisioneros también son liberados, y la multitud aclama a Leonore.